Ninja Senshi Tobikage cuenta la historia de un chico llamado Joe Maya que vive en marte. Un día Joe presencia una batalla entre alienigenas, los del planeta Zaboom estan atacando a la princesa del planeta Radorio que se ha estrellado en marte tras escapar del emperador de Zaboom, el cual planea conquistar el universo. Joe sube a bordo de la nave de la princesa, desencadenado una serie de hechos que alterará su vidas para siempre. Joe y sus amigos controlaran tres poderosos mechas con forma de animales contra el emperador de zaboom y sus fuerzas, pero la suerte está claramente en su contra y cuando todo parece completamente perdido, el misterioso robot ninja Tobikage aparece de la nada para ayudar, ademas es capaz de combinarse con los 3 animales mecanicos que le proveen de una fuerza sin rival. Con su ayuda, Joe luchará contra las fuerzas de Zaboom.